Posljednjih godina tridesetogodišnjega rata bio je legat u Ferrari. U spletkama francuskoga kralja Luja XIV. Benedikt se držao papinih interesa, što mu kralj nikada nije oprostio. Kad je u konklavama imao najviše glasova, Luj XIV. zapriječio je njegov izbor za papu. Šest godina kasnije opet su bile konklave, a Benedikt je opet prednjačio brojem glasova. Ovaj put kralj to nije mogao spriječiti pa je Benedikt izabran za papu, uzevši ime Inocent XI. Odmah se suočio s uplitanjima Luja XIV. u crkvena prava. Oštar papin ton iznenadio je i samoga kralja, a oni koji su se kralju dodvoravali bili su posve zaprepašteni takvom papinom smjelošću.
Papa se trudio oko ispravnog života svećenika, redovnika i vjernika. Uključivalo je to i ispravan teološki nauk i nije se ustezao suprotstaviti se i teolozima te je jednom prilikom dokinuo 56 tadašnjih teoloških zabluda. Iskazao se i kao veliki organizator obrane protiv Turaka. Kršćansku je vojsku i materijalno pomagao i podržavao, pa su izvojevane dvije velike pobjede, pod Bečom i Budimom.
Papa Inocent XI. svoju je veličinu očitovao i u dvomjesečnoj bolesti prije smrti kada je mnogo trpio, ali se nije ustručavao od Boga prositi i veća trpljenja. Glasovit po svojoj jednostavnosti, pobožnosti i moralnosti, preminuo je na današnji dan 1689. godine, a narod ga je odmah počeo štovati kao sveca. Pokopan je u bazilici Sv. Petra, a nećak don Livio mu je dao podignuti nadgrobni spomenik, djelo glasovitog umjetnika Monnota. Blaženim ga je proglasio 1956. papa Pio XII.
