Nakon ređenja obavlja različite crkvene službe, a 1993. godine biskup ga šalje u Rim, gdje na Papinskom sveučilištu Lateranu 1995. godine postiže licencijat iz Pastoralne teologije.
Po povratku u Biskupiju ponovo je imenovan župnim vikarom u katedrali u Mostaru. Obavlja službu biskupova osobnog tajnika (1997.-2000.), župnika župe Presvetoga Trojstva Blagaj-Buna (2000.-2006.), vicerektora Papinskoga hrvatskog zavoda sv. Jeronima u Rimu (2006.-2012.). Od 2012. do 2021. godine generalni je vikar u Mostaru, a od 2019. također ravnatelj Caritasa Biskupija Mostar-Duvno i Trebinje-Mrkan.
Za službovanja u Rimu i u Mostaru uredio je, zajedno s drugima, više knjiga duhovnoga, teološkoga i pastoralnoga karaktera.
Banjolučki biskup u miru i apostolski upravitelj mons. Franjo Komarica službu rezidencijalnog biskupa banjolučkog obnašao je od 15. srpnja 1989. godine.
Rođen je, 3. veljače 1946. u Novakovićima, župa Petrićevac. Osmogodišnju školu završio je u Banjoj Luci, sjemenišnu gimnaziju u Zagrebu i Đakovu, teološki studij u Đakovu, a nastavio ga je na Teološkom fakultetu Sveučilišta u Innsbrucku.
Za svećenika ga je zaredio biskup Alfred Pichler u crkvi otaca trapista u Banjoj Luci, 29. lipnja 1972. Nakon ređenja nastavio je posebni studij u Innsbrucku, gdje je 1973. magistrirao, a 1978. doktorirao liturgiku.
Po završetku studija imenovan je predavačem na Vrhbosanskoj visokoj teološkoj školi u Sarajevu, gdje od 1978. do 1986. predaje liturgiku, liturgijski pastoral, pastoral selilaca i crkveno pjevanje. Ujedno je vodio dva crkvena zbora: bogoslovski i katedralni.
Papa Ivan Pavao II. imenovao ga je 28. listopada 1985. pomoćnim biskupom banjolučkim i naslovnim biskupom biskupije Satafis u Africi. Isti ga je papa i zaredio za biskupa u bazilici sv. Petra 6. siječnja 1986. godine, a upravu biskupije preuzeo je 15. srpnja 1989.
Za svoje djelovanje primio je niz međunarodnih priznanja i nagrada, a 2004. nominiran je i za Nobelovu nagradu. Jedno od najvećih djela biskupa Komarice svakako je njegovo uporno zauzimanje za proglašenje blaženim sina Banjolučke biskupije Ivana Merza kojeg je papa Ivan Pavao II., 22. lipnja 2003. godine, u Banjoj Luci proglasio blaženim.
